バンコマイシンの使用時の代表的な副作用に、レッドマン症候群がある。
レッドマン症候群のた予防のためには、通常、1gにつき1時間以上かけて点滴を行うのが推奨される。
そのほか、腎障害を避けるために、血中濃度測定（therapeutic drug monitoring, TDM）を行うことが推奨される。
目標とする最低血中濃度（トラフ値）は10～20μg/mLである。
ただし、採血のタイミングによって、血中濃度は変化するので、適切な判定ができるよう、採血のタイミングを計画することが重要である。
リネゾリド（ザイボックス）の場合は、副作用に、赤血球、白血球、血小板の低下が報告されている。特に血小板が減少しやすいと言われる。
投与期間が2週間を過ぎた症例に発生すると報告されているので、定期的な測定が必要であると言われる。
さらにダプトマイシン（キュビシン）の場合は、副作用の一つに、横紋筋融解症がある。
このため、ダプトマイシン（キュビシン）の投与時は、定期的なCK測定が必要である。