生物は、エネルギーの獲得方法の違いによって、モネラ界、植物界、動物界、菌類界、原生生物界の５つに分けられます。
微生物の分類
細菌は、モネラ界（kingdom Monera）に、寄生虫は原生生物界（kingdom Protista）に、真菌は菌類界（kingdom Fungi）に分類されます。
階級は、大きい分類(上位)から小さい分類(下位)に向かって、次のようになります。
・界（kingdom）
・門（division）
・群（part）
・科（family）
・族（tribe）
・属（genus）
・種（species）
・個体（individual)
命名法
細菌の命名法は、国際命名規約（International Code of Nomenclature of Bacteria）により規定されています。
基本的に、菌名は属・種名の二命名法によりラテン語で記載されます。
属名は、最初の1文字に省略されることもあります。
ラテン語による学名はイタリックで記載し、属名の頭は大文字で記載するのがルールとなっています。
ウイルス
なお、ウイルスについては、分類は「科」、「属」、「種」の階層的体系を形成しており、命名に関しては、ラテン語の二命名法ではなく、英語の俗名を使用します。