ヒトが空気を吸い込むと、空気中の細菌などの病原微生物を吸い込みます。
病原微生物は、好中球や肺胞マクロファージに処理され、線毛運動により大きな気管支まで運ばれ、痰として体外に喀出されます。
防御しきれない場合や、防御機構が破綻した場合に、感染症を発病します。
感染は、上気道炎、下気道炎、肺炎、胸膜炎に分類されます。
上気道感染
急性上気道炎（かぜ、インフルエンザ、急性咽頭炎、急性扁桃炎、急性副鼻腔炎）
慢性上気道炎（慢性副鼻腔炎など）
下気道感染
急性気管炎、急性気管支炎
慢性気管支炎、肺気腫、気管支拡張症、びまん性汎細気管支炎、陳急性肺結核、じん肺、非結核性好酸菌症、ABPA、肺繊維症など
肺炎
市中肺炎（気管支性肺炎、大葉性肺炎）、院内肺炎（人工呼吸器関連肺炎、）
胸膜炎
原疾患として、心不全、肺炎随伴性胸水、悪性胸水、肺塞栓、結核性胸膜炎