細胞の構造は、「形質膜（細胞膜）」、「細胞質」、「核」に分類できます。
形質膜（細胞膜）
形質膜は、主に、リン脂質と膜タンパク質とからなり、ほかに少量のコレステロ－ルと糖脂質を含みます。
形質膜は、脂質二重層であり、細胞外の環境から細胞内の環境を区別する役割を持っています。
形質膜は、細胞内外への物質の流れを調節したり、細胞と細胞との伝達や、細胞と細胞外環境との連絡をしたりします。
細胞質
形質膜と核との間にある細胞内物質からなる部分です。
ここでいう細胞内物質には、溶液部分（サイトゾルと呼ばれます）と、細胞小器官とがあります。
サイトゾル
サイトゾルは、細胞小器官を取り巻く細胞質の溶液部分で、全細胞容積の５５％を占めます。
サイトゾル中には、さまざまなイオン類、グルコース、アミノ酸類、脂肪酸類、タンパク質類、脂質類、ATP、老廃物などが含まれています。
細胞小器官
細胞骨格
マイクロフィラメント、中間径フィラメント、微小管の３種類の異なるタンハク質のフィラメントからなる網状構造です。
中心体
核の近くには、一対の中心子、および、中心子周辺物質から構成される「中心体」が存在します。
中心子は、円筒構造で、各中心子は、３つ組の微小管（トリプレット）９つが円形に配列されています。
中心子周辺領域は、細胞分裂時に、紡錘体の成長を調節します。また、中心子周辺領域は、非分裂細胞において、微小管の形成を調節します。
線毛・鞭毛
線毛や鞭毛は、細胞表面に突き出た運動性の突起です。
リボソーム
リボソームは、タンパク質の合成の場です。
リボソームは、リボソームRNAおよびリボソームタンパク質を含みます。
リボソームは、大小二つのサブユニットからなります。なお、大サブユニットと、小サブユニットは、核小体で作られます。
リボソームには、核膜の外表面や小胞体の膜に付着しているもの、他の細胞質の構造物とは接着せずに遊離しているもの（遊離リボソーム）、ミトコンドリアの中に存在するものがあります。
リソソーム
ゴルジ装髄でつくられた小胞で、消化酵素を含んでいます。
小胞に融合し内容物を消化する役割があり、古い細胞小器官を消化〈自食作用）し、細胞全体を消化し（自己融解）、また、細胞外物質を消化します。
ペルオキシソーム
酸化酵素をもった小胞です。危険物質を無毒化する働きをします。
酸化酵素としては、たとえば、オキシターゼや、カタラーゼがあります。
プロテアソーム
タンパク質を切断する酵素であるブロテアーゼ含む小さな構造物です。不要なタンパクなどを小さなペプチドに分解します。
ミトコンドリア
外膜、内膜、クリスタ、マトリックスからなり、細胞のほとんどのATPを産生する反応が起る場所です。
核
核は、細胞の構造や、活性を調節する遺伝子を持っています。
核の内部は、主に３つの要素からなります。
・クロマチン（染色質）
・核小体
・核質
さらに、核の外側は、「核膜」に覆われています。
クロマチン
クロマチンはDNAとタンパク質の複合体で、「染色体」がほどけて脱コイル化した状態のものです。
なお、染色体とは、クロマチンが有糸分裂や減数分裂が起こるときに高度に凝縮して密にコイル化したものです。
核質
核質は、クロマチン間果粒、クロマチン周辺果粒、核マトリックスからなります。
核小体
核小体は、核内にある濃染構造物です。
膜に包まれておらず、細胞分裂のときに消失し、間期のときのみ観察可能です。
rRNA合成と、大小リボソームサブユニットの構成に関わります。
核膜
核膜は、内核膜および外核膜の2枚の単位膜からなります。
内核膜は、中間径フィラメントからなる網目構造（核ラミナ）によって裏打ちされています。
外核膜は、中間径フィラメントからなる網状構造に囲まれています。
内核膜と外核膜の間は、核周囲槽というスペースで隔てられています。
核膜には、核膜孔という穴があり、核と細胞質の物質移動に用いられます。