院内肺炎の原因菌（起因菌）としては、緑膿菌、ブドウ球菌（MRSAなど）、インフルエンザ菌、肺炎球菌などが主なものです。
また、頻度は少ないですが、サイトメガロウイルスや、カリニ原虫なども原因となる場合があります。
なお、院内肺炎の主な起因菌の分離頻度は、下記の通りとする報告があります。
もちろん、一つの検体から、複数菌が検出される場合もあります。
黄色ブドウ球菌 13％
表皮ブドウ球菌 10％
肺炎球菌 10％
エンテロコッカス•フェカーリス 10％
インフルエンザ菌 20％
緑膿菌 17％
モラクセラ・カタラーリス 7％
E.coli：エシェリキア・コリ 7％
S.maltophilia：ステノトロフォモナス•マルトフィリア 7％