細菌の培養は、発育に酸素を必要とする好気性菌と、酸素があると発育できない嫌気性菌とでは、異なる方法が採られます。
すなわち、好気培養と、嫌気培養です。
好気培養
好気培養では、シャーレ内の培地、あるいは、緩く蓋を被せた試験管内の培地に、細菌を接種して35〜37度程度の孵卵器に入れます。
なお、培地が液体培地である場合は、浸透させながら培養します。
嫌気培養
一方、嫌気培養では、菌を接種した培地を、ガスパックなどの酸素吸収•炭酸ガス発生剤とともに、密閉容器（嫌気ジャー）に入れて培養します。
嫌気性グローブボックス／嫌気チェンバー／嫌気チャンバーを備えた施設であれば、その中で培養します。
なお、培地として、システインやチオグリコール酸などの、還元剤が添加された培地（培地の酸化還元電位が低下している）が用いられることがあります。