代表的な薬剤耐性菌としては、つぎのものが挙げられます。
グラム陽性球菌
グラム陽性球菌では、黄色ブドウ球菌、腸球菌、肺炎球菌が主に問題となり、以下のような耐性菌があります。
メチシリン耐性黄色ブドウ球菌 (MRSA)
mecA 遺伝子によりPBP2’（PBP2プライム）を産生します。β‐ラクタム系抗菌薬はこの PBP2’に対 する親和性が低いため、細胞壁の合成が阻害されません。
バンコマイシン耐性黄色ブドウ球菌（VRSA），バンコマイシン中等度耐性黄色ブドウ球菌（VISA）
バンコマイシン耐性遺伝子（van遺伝子）により、バンコマイシンの結合部位であるD-アラニル-D-アラニン（ペプチドグリカンの構成単位のムレインモノマー末端）が、D-アラニル-D-ラクテートに変異しています。そのため、細胞壁の合成が阻害されません。
バンコマイシン耐性腸球菌(VRE)
バンコマイシン耐性遺伝子（van遺伝子）の種類により９種類が確認がされています。VanA、VanB、VanC、VanD、VanE、VanG、VanL、VanM、VanNです。
ペニシリン耐性肺炎球菌（PRSP），ペニシリン中等度耐性肺炎球菌（PISP）
PBPをコードする遺伝子（pbp1a、pbp2x、pbp1a、pbp2b）の変異により、PBPが変異しています。そのため、細胞壁の合成が阻害されません。
グラム陰性球菌
グラム陰性球菌では、淋菌（リン菌）が問題となります。
ペニシリン耐性菌として、ペニシリナーゼ産生淋菌（PPNG）と染色体性ペニシリン耐性淋菌（CMRNG）とに分類されます。
前者はペニシリナーゼの産生により、後者はPBP2の産生を支配するpenA遺伝子の変異により、細胞壁の合成が阻害されません。
グラム陰性桿菌
グラム陰性桿菌では、さまざまな菌種が問題となります。
インフルエンザ菌
アンピシリン耐性菌として、βラクタマーゼ陽性アンピシリン耐性インフルエンザ菌（BLPAR）、βラクタマーゼ陰性アンピシリン耐性インフルエンザ菌（BLNAR）、βラクタマーゼ陽性アモキシシリン/クラブラン酸耐性インフルエンザ菌（BLPACR）に分類されます。
メタロβラクタマーゼ（MBL）産生菌
さまざまな抗菌薬を分解する酵素を産生する菌として、IMP型メタロβラクタマーゼ産生菌、NDM-1型メタロβラクタマーセ産生菌などがあります。
セリンβラクタマーゼ産生菌
さまざまな抗菌薬を分解する酵素を産生する菌として、基質特異性拡張型βラクタマーゼ (ESBL)産生菌、KPC型βラクタマーゼ産生菌、AmpC型βラクタマーゼ産生菌、OXA型βラクタマーゼ産生菌などがあります。
そのほか
上記のほか、多剤耐性緑膿菌(MDRP)、多剤耐性アシネトバクター・バウマニ（MDRAB）などが問題となります。
抗酸菌
抗酸菌では、多剤耐性結核菌などが問題となります。