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代表的な薬剤耐性菌としては、つぎのものが挙げられます。

グラム陽性球菌

グラム陽性球菌では、黄色ブドウ球菌、腸球菌、肺炎球菌が主に問題となり、以下のような耐性菌があります。

メチシリン耐性黄色ブドウ球菌 (MRSA)

mecA 遺伝子によりPBP2’（PBP2プライム）を産生します。β‐ラクタム系抗菌薬はこの PBP2’に対 する親和性が低いため、細胞壁の合成が阻害されません。

バンコマイシン耐性黄色ブドウ球菌（VRSA），バンコマイシン中等度耐性黄色ブドウ球菌（VISA）

バンコマイシン耐性遺伝子（van遺伝子）により、バンコマイシンの結合部位であるD-アラニル-D-アラニン（ペプチドグリカンの構成単位のムレインモノマー末端）が、D-アラニル-D-ラクテートに変異しています。そのため、細胞壁の合成が阻害されません。

バンコマイシン耐性腸球菌(VRE)

バンコマイシン耐性遺伝子（van遺伝子）の種類により９種類が確認がされています。VanA、VanB、VanC、VanD、VanE、VanG、VanL、VanM、VanNです。

ペニシリン耐性肺炎球菌（PRSP），ペニシリン中等度耐性肺炎球菌（PISP）

PBPをコードする遺伝子（pbp1a、pbp2x、pbp1a、pbp2b）の変異により、PBPが変異しています。そのため、細胞壁の合成が阻害されません。

グラム陰性球菌

グラム陰性球菌では、淋菌（リン菌）が問題となります。

ペニシリン耐性菌として、ペニシリナーゼ産生淋菌（PPNG）と染色体性ペニシリン耐性淋菌（CMRNG）とに分類されます。

前者はペニシリナーゼの産生により、後者はPBP2の産生を支配するpenA遺伝子の変異により、細胞壁の合成が阻害されません。

グラム陰性桿菌

グラム陰性桿菌では、さまざまな菌種が問題となります。

インフルエンザ菌

アンピシリン耐性菌として、βラクタマーゼ陽性アンピシリン耐性インフルエンザ菌（BLPAR）、βラクタマーゼ陰性アンピシリン耐性インフルエンザ菌（BLNAR）、βラクタマーゼ陽性アモキシシリン/クラブラン酸耐性インフルエンザ菌（BLPACR）に分類されます。

メタロβラクタマーゼ（MBL）産生菌

さまざまな抗菌薬を分解する酵素を産生する菌として、IMP型メタロβラクタマーゼ産生菌、NDM-1型メタロβラクタマーセ産生菌などがあります。

セリンβラクタマーゼ産生菌

さまざまな抗菌薬を分解する酵素を産生する菌として、基質特異性拡張型βラクタマーゼ (ESBL)産生菌、KPC型βラクタマーゼ産生菌、AmpC型βラクタマーゼ産生菌、OXA型βラクタマーゼ産生菌などがあります。

そのほか

上記のほか、多剤耐性緑膿菌(MDRP)、多剤耐性アシネトバクター・バウマニ（MDRAB）などが問題となります。

抗酸菌

抗酸菌では、多剤耐性結核菌などが問題となります。

最小発育阻止濃度：MICと、最小殺菌濃度：MBCについて解説します。

MIC

最小発育阻止濃度MICは、試験管内（in vitro）で菌の発育が阻止される最小の薬剤濃度を意味します。

MICを確認するには、抗菌薬を二倍連続希釈した培地を用意して、各培地に菌を接種し、培養して発育の有無を確認します。

MBC

一方、最小殺菌濃度MBCは、試験管内（in vitro）で菌が殺菌される最小の薬剤濃度を意味します。

測定

MIC値とMBC値は、同時に測定することができます。

すなわち、MIC以上の濃度（発育阻止されている濃度）において、細菌が殺菌されているのかどうかを、追加検査で明らかにします。

具体的には、発育阻止されている培地のうち、薬剤濃度が最も低い培地の一部を、別の液体培地に接種し、培養します。

培養の結果が陰性（菌が増殖しない）

培養結果が陰性であれば、その薬剤の濃度においては、菌が殺せているということで、薬剤の効果が「殺菌的」と評価され、その濃度はMBC値となります。

つまり、MIC ＝ MBCとなります。

培養の結果が陽性（菌が増殖した）

逆に、培養結果が陽性であれば、その濃度においては、菌が殺せていないということで、薬剤の効果は「静菌的」と評価され、その濃度よりも高い濃度がMBC値となります。

つまり、MIC ＜ MBCとなります。

この場合、MBCを確認するための追加試験として、発育阻止されている培地のうち、薬剤濃度が二番目に低い培地を使って、培養試験を行います（培養が陰性になるまで、薬剤濃度を上げていきます）。

なお、MIC値とMBC値に大きな差がある菌の場合、その薬剤に対する耐性を獲得しやすいと言われています。